Помимо оптической системы, в микроскопе есть ещё вспомогательные приспособления, которые тоже играют не менее важную  роль при работе с прибором, чем оптическая система. К ним относится, в частности, и предметный столик. Так называют плоскость, на которой размещают объекты для изучения. Он может быть как неподвижным, так и таким, что перемещается в разных плоскостях. Первый вариант присущ тем микроскопам, которые большей частью рассчитаны на любительское использование прибора. А подвижными предметными столиками оснащены более профессиональные микроскопы. В этом случае они могут двигаться в вертикальном и горизонтальном направлении. Есть ещё предметные столики, которые можно повернуть на заданный угол.

            На таком столике размещают объекты, которые расположены на предметном стекле, и покрыты покровным стеклом. Первое стекло нужно для того, чтобы разместить на нём объект, поскольку в предметном столике предусмотрено отверстие для прохождения света от линз конденсора до линз объектива. И препарат помещается именно над этим отверстием. На стекле можно зафиксировать препараты любого размера и разной консистенции, что упрощает работу с жидкими и маленькими объектами. Второе стекло – покровное – нужно для того, чтобы удержать этот объект на стекле предметном, которое в свою очередь фиксируется на предметном столике фиксаторами – специальными тонкими металлическими полосками. Ещё покровное стекло защищает линзу объектива от загрязнения. Такое возможно, если нарушен порядок работы и тубус опущен до упора, вдавливаясь в объект изучения.

            Для защиты линзы объектива, царапины и другие повреждения которой приводит к искажению изображения, служат дополнительные механизмы. В микроскопах более простых моделей для этой цели установлен ограничитель подъёма предметного столика. В усовершенствованных моделях сложной конструкции защитой линзы становится подпружиненный объектив. Его особенность заключается в том, что отлив бортика кольца линзы имеет широкий край. Также он подвижен, и при надавливании он снижает силу воздействия, из-за которой может не только исцарапаться линза объектива микроскопа, но и лопнуть покровное или, хуже того - предметное стекло.

            Существуют предметные стёкла особого типа – это счётные камеры. Их используют для подсчёта количества частиц, например, эритроцитов в капле крови. Они имеют вид толстого предметного стекла, внутри которого есть углубление. Дно этого углубления усеяно ячейками. Вот в них и считается количество клеток или других частиц в единице площади изучаемого вещества. Такие стекла бывают двух видов: многоразовые (стеклянные) и одноразовые (пластиковые).

             Фокусировка изображения происходит с помощью макровинта и микровинта. Макровинт перемещает сам тубус. Это более грубая подстройка микроскопа, с которой и начинают наводить изображение. Микровинтом работают уже после того, как контуры уже более или менее видны. Им настраивают резкость и глубину изображения. Если ход макровинта микроскопа измеряется сантиметрами, то у микровинта – миллиметрами.